莫采石(巫剛 飾)不同意警察署長 霍然(屈剛 飾)的提議， 嚴(yán)達(dá)慶(王品一 飾)也跟著隨聲附和，莫采石命令嚴(yán)達(dá)慶全權(quán)負(fù)責(zé)此案。原來，警察署長霍然和警察廳長莫采石一直暗中較力，他們都在盡最大力量保護(hù)自己的力量，只有一心想出風(fēng)頭的嚴(yán)達(dá)慶不明就里。

關(guān)天平(司源 飾)懷疑昨天抓住的人可能是 程慈航(喬振宇 飾)， 歐陽倩(安以軒 飾)準(zhǔn)備試探此人一番。果然，程慈航看到車夫殺人案件卷宗之后，對劉阿長搜集的證物很是不屑，他要求到案發(fā)現(xiàn)場仔細(xì)勘察。歐陽倩看程慈航?jīng)]有借機溜走的意圖，就帶領(lǐng)程慈航到了案發(fā)現(xiàn)常正在勘察，死者的哥哥匆匆跑了進(jìn)來，程慈航根據(jù)這個人的外貌、衣著和神態(tài)，立即判斷此人就是兇手，并還原案發(fā)現(xiàn)常確鑿而充分的證物、嚴(yán)謹(jǐn)而精彩的推理讓大家心悅誠服。一樁冤案徹底偵破，歐陽倩再次詢問程慈航和莫采石之間的關(guān)系，程慈航用箱子里的證件澄清自己的身份。然后，徑直向莫采石家走去，在等待門衛(wèi)通報的時間，程慈航從鏡子里的倒影發(fā)現(xiàn)一直跟蹤自己的歐陽倩，同時，發(fā)現(xiàn)還有人一直跟著歐陽倩。歐陽倩沒想到，這位聰明睿智、武功高強的程慈航竟然真是莫采石的親戚。

五九檔案被盜，各方勢力對此都虎視眈眈，中田(任大為 飾)代表的日軍和歐陽倩代表的神秘組織僅僅是其中的兩方而已。程慈航在博物館附近仔細(xì)勘察，希望能夠有所發(fā)現(xiàn)，一些證物闖進(jìn)了程慈航的眼簾。這時，小野派出的手下突然手持匕首向程慈航猛刺過來。程慈航抓住一人交給趕來支援的歐陽倩，自己則追趕趁機逃跑的那個人，無路可逃的日本特務(wù)吞毒自荊程慈航匆匆回到原地，看到另一個也被刺死，歐陽倩謊稱此人拒捕被殺，程慈航發(fā)現(xiàn)一個匆匆離開的身影。還沒有來得及多問，就有警察循聲而至，歐陽倩趕緊讓程慈航離開。

一切安排停當(dāng)，歐陽倩追上程慈航詢問他到底發(fā)現(xiàn)了什么。程慈航告訴她，證據(jù)顯示，作案的應(yīng)該是一胖一瘦兩個人，他們可能在鐵礦上工作。二人準(zhǔn)備到北礦區(qū)調(diào)查一下。

先入為主的嚴(yán)達(dá)慶認(rèn)為是內(nèi)鬼作案，他把博物院所有員工集中起來進(jìn)行調(diào)查，卻勞而無功。同時，不太自信的他還讓劉阿長排查南京所有飛賊的情況。案情通報會上，劉阿長宣布調(diào)查的結(jié)果，此案為綽號“夜蝙蝠”的天下第一飛賊許老二所為，此人一直隱姓埋名住在北礦區(qū)。嚴(yán)達(dá)慶立即集合警察直奔北礦區(qū)而來。

看到蜂擁而至的警察，許老二師徒意識到大事不妙，倉皇逃竄。途中，許老二徒弟腳下一個趔趄，倒在地上。嚴(yán)達(dá)慶領(lǐng)著警察迅速趕到，層層包圍住此人，此人困獸猶斗，一把拉過一位站在路邊的小姐當(dāng)做人質(zhì)。被劫持的竟然是霍然的女兒、嚴(yán)達(dá)慶的未婚妻 霍蜜兒(郭曉婷 飾)，看到心上人在歹徒手中，又氣又怒的嚴(yán)達(dá)慶束手無策，在他猶豫不決之際，正巧趕到的程慈航以迅雷不及掩耳之勢沖到歹徒身旁，三下五除二制服歹徒，成功救出霍蜜兒。英雄救美，霍蜜兒對著程慈航花癡般地問東問西?？吹交裘蹆喝绱吮憩F(xiàn)，嚴(yán)達(dá)慶醋意大發(fā)。

美國政府對五九檔案覬覦已久，派顧問團(tuán)特別助理哈金斯上校到莫采石處拜訪。莫采石得知哈金斯的真實目的，準(zhǔn)備閉門不見，暫避其鋒芒。

程慈航返回自己逃跑的地方，找到小玉用生命換來的部分五九檔案。他想到了小玉對自己的囑托：把五九檔案公之于眾，讓全世界懲罰那些用中國人做實驗品的日本人。